對同一個音樂檔而言，最為常見的WAV、FLAC、APE三種音樂格式的音質是完全一樣的。其意思是從CD碟上抓軌出來後，得到的WAV和APE、FLAC音質完全相同，實際上是不同形式的同一個檔案。但與CD碟是否完全一樣？除了抓軌操作問題之外，基本上都是受電腦設備技術所限。畢竟電腦器材與錄製唱片的專業器材不能相比，電腦祇是個均衡性技術器材的組合體。所以，從收藏角度來看，三種格式可以一樣。但在播放效果上，動輒數萬乃至數十萬的專業設備和神經質般的金耳朵是能聽得出些許的差別，這主要是因為不同格式間，因編碼不同導致解碼速度不同所致。如果轉換為同一種格式，正常聽是沒有區別的。
那麼，WAV、FLAC、APE這三種格式區別在哪裡呢？
1、編碼不同，導致解碼速度WAV 〉 FLAC 〉 APE，直接影響到播放聽感的流暢性：WAV 〉 FLAC 〉APE。
WAV檔案是音響設備和許多播放軟體可以直接讀取的音頻檔，基本上不存在編碼解碼問題。FLAC 和APE 都對WAV進行了編碼，故能換取較小的體積，但同時造成解碼時，因受播放器材的技術所限，會因出現一定的jitter抖動而導致播放效果不夠飽滿及流暢。這點可以通過統一轉換為WAV格式來測試。
2、編碼不同，導致檔案大小不同: APE〈 FLAC〈 WAV。
由於FLAC 和APE 都對WAV進行了更高技術的編碼，所以換取了較小的檔案體積，也是這兩種格式之所以出現的根本原因。由於二者都是無失真壓縮，如果你是為了收藏，同時您的儲存空間並不寬裕，無疑收藏檔案體積較小的APE是最為理想。至於以後會不會出現更小體積的無損壓縮格式不得而知，但目前來說，APE 是最優選擇。
3、編碼不同，解碼速度不一，導致佔用CPU資源和耗電量不同。
編碼越複雜，解碼越麻煩，自然佔用記憶體越高，耗電量自然增大。那些玩攜帶式播放機們感觸最深，同樣的電量，三種格式的播放時間長短依次為：WAV 〉 FLAC 〉 APE。所以，如果你的音樂播放機的電池續航力較弱，自然選擇WAV檔可以享受更長時間的音樂。
4、開源性不同，導致糾錯效果不同。
這一點各取所需吧！很多FLAC 粉絲們對APE的糾錯性和容錯性大為詬病，指責其一旦有錯就無法繼續播放，等於整軌作廢，同時嫌技術不夠開放。而 FLAC 用靜音處理方式，他們就認為很好。個人認為，如果播放的話，因為一個錯誤就整軌不能播放，等於白下載，的確很煩人，而FLAC 靜音處理得以繼續播放下面的曲目，的確較為人性；但從收藏的角度而言，靜音處理錯誤，是不是有點瞞天過海、自欺欺人？發燒友和有收藏癖好們，對人耳察覺不到的細微差別都耿耿於懷，怎麼會放過這麼大的差錯？反正如果有錯誤音軌，肯定是不容許收藏的，而APE正好給了檢驗品質好壞的途徑。
5、開源性不同，導致支援軟體多寡不均。
在編碼軟件的支援上，大家都說支援 FLAC 的軟件比 APE 多，這點沒問題，但並不等於支援APE格式的播放軟件就少。實際上，現在已經有很多軟體支援APE了。而且，支援FLAC的軟件雖然多，也有很多不支援FLAC的，但WAV就不一樣了，還沒見不支援WAV格式的播放機呢！這樣說來，是不是也要把FLAC淘汰掉？！其實，聽的時候就那麼幾首歌，轉一下格式能夠支援你的播放機不就好啦。
從收藏的角度看，APE、FLAC、WAV三種格式一樣，音頻檔案的音質相同；從播放的角度來講，格式不同，在專業設備下，效果可能會有人耳察覺不同的區別。